Cisterciácký klášter v Plasech vznikl roku 1144 jako založení českého knížete Vladislava II. V době tohoto knížete začaly do Čech přicházet první řeholníci tehdy nových a moderních řádů, premonstrátů a cisterciáků. Plasy se staly druhou odnoží cisterciáckého řádu v českých zemích a první, u jejíhož zrodu stál panovník.
Důvody, proč si kníže Vladislav zvolil pro své založení právě Plasy můžeme jen odhadovat. Zřejmě nešlo o náhodné umístění, ale výběr Plas lze je chápat jako součást širšího panovnického projektu na vytvoření mocných řeholních institucí v západních Čechách, jež by se podílely na kultivaci zdejší krajiny dosud jen řídce osídlené a staly se záštitou panovnických zájmů v tomto regionu. Za mateřský dům pro Plasy vybral jeho zakladatel klášter v bavorském Langheimu. Podle tamní tradice přišli první cisterciáci do Plas 25. března 1145.
Ve 12. a 13. století se Plasy staly nejvýznamnějším opatstvím cisterciáckého řádu v zemi. Ve 14. věku jejich věhlas předstihly dva mocné kláštery Sedlec a Zbraslav, avšak i tehdy patřil plaský ústav k předním řeholním domům v zemi. Význačné postavení plaského kláštera se odrazilo mimo jiné také v rozšíření dalších cisterciáckých opatství v Čechách a na Moravě. Plasy zde vytvořily samostatnou dílčí linii řádového rodokmenu, která čítá v Čechách a n a Moravě celkem osm klášterů, z toho pět ústavů pro mnichy a tři pro cisterciácké jeptišky. Za nejvýznamnější můžeme označit skutečnost, že právě prostřednictvím plaského kláštera přišli cisterciáci na Moravu. Stalo se tak roku 1204, kdy moravský markrabě Vladislav Jindřich založil klášter Velehrad.
Stálá podpora přemyslovského rodu provázela klášter po většinu 12. i 13. století a dopomohla opatství k tomu, že se stalo jedním z nejmocnějších v zemi. Dobré vztahy pojily plaské cisterciáky s většinou pražských vládců. Již prvního z opatů Meinhera nacházíme často v knížecím okolí, ať již se jedná o Vladislava II., Soběslava II. či Vladislavova nejstaršího syna Bedřicha. Podobně se situace vyvíjela i v následujících obdobích. Trvalý zájem panovnické rodiny i pozemkové dary pomohly opatství dobře přestát krizová léta poslední třetiny 12. století. Na konci 12. věku se na trůn dostal mladší ze synů Vladislava II. Přemysl Otakar I. S jeho nástupem k moci došlo k zásadní změně. Panování Přemysla Otakara I. položilo základ stabilizovaného vrcholně středověkého českého státu. Čtyři dlouhé vlády posledních Přemyslovců poskytly příležitost k poměrně klidnému rozvoji všech církevních ústavů v zemi. Také Plasy těžily z příznivého politického klimatu. Velký rozvoj kláštera přinesla zejména první polovina 13. století, kdy opatství navíc značně podporovali vládnoucí králové. Přemysl Otakar I. vzal klášter do své ochrany, zlepšil též jeho právní postavení v kraji soudními imunitami.
Plaské opatství na druhé straně osvědčilo Přemyslovi svou věrnost, když v době jeho sporu s biskupem Ondřejem pevně setrvalo v královském táboře. Ještě bližší pouto než Přemysla Otakara I. pojilo k Plasům jeho syna Václava I., který se v listině z roku 1252 takto vyznává: „... plaský klášter od našich předků založený přede všemi kláštery království zvláštně milujíce a milostivěji obhajujíce, všecky téhož kláštera dobrodince a milostníky milostivě milujeme, jakož i zločince jich nenávistí zaháníme širší.“ Václav I. měl v oblibě celý kraj kolem Plas. Často pobýval na svých hradech v královském loveckém hvozdu, který přímo sousedil s plaskými statky. Václav I. navštěvoval plaský klášter a zřejmě zde i příležitostně trávil delší čas. Je pravděpodobné, že král měl v Plaších svůj vlastní dům, královskou rezidenci. „Residentia regia“ je sice doložena až za Přemysla Otakara II., ale vzhledem k úzkému vztahu Václava I. ke klášteru můžeme předpokládat, že to byl právě on, kdo toto sídlo postavil. Přátelský vztah choval k Plasům též král Přemysl Otakar II., který klášteru poskytl četná privilegia a vzal jej do své speciální ochrany. Od doby Václava II. postupně význam plaského kláštera jako vedoucího cisterckého ústavu v zemi začal upadat. Na jeho místo se dostal Sedlec a nově založené opatství Aula Regia na Zbraslavi. Plasy postupně ustoupily do pozadí.
Jako nejstarší a dlouho jediný panovnický klášter cisterciáckého řádu v Čechách se Plasy těšily jak podpoře českých knížat a později králů, tak i zájmu okolní šlechty, která opatství podporovala. Díky darům pozemků a do jisté míry i díky vlastní zakladatelské činnosti statky kláštera ve 12.-14. století jeho statky utěšeně rostly. Měl-li klášter v době svého založení cca 5 lokalit, v roce 1250 již k němu náleželo na padesát vesnic a klášterních dvorů na Plzeňsku spolu s menší enklávou statků v okolí Prahy. Do konce 14. století se plaský majetek v západních Čechách rozrostl na cca 75 lokalit a patřila k němu i dvě klášterní městečka Kralovice a Žihle. K majetku proboštství Malé Plasy u Prahy patřilo tehdy asi 10 vsí a dvorů.
Hospodářský vzestup kláštera však netrval po celý středověk. Již před polovinou 14. století došlo k útlumu, dosavadní prosperitu nahradila vleklá krize. Podobně jako jiné středoevropské kláštery nedokázaly ani Plasy vzdorovat změněné ekonomické situaci a upadaly stále do větších dluhů. Na počátku 15. století stálo klášterní hospodářství před naprostým úpadkem.
Dvacátá léta 15. století přinesla opatství téměř úplnou zkázu. Na počátku husitských válek klášter dobyly a spálily oddíly husitských bojovníků. Datum přepadu není známo, s největší pravděpodobností k němu došlo na jaře 1421. Víme, že část mnichů vpád husitských vojsk přežila. Proto lze předpokládat, že bratři odešli z opatství již dříve a tím si zachránili život. Opat Gotfried prchl do Manětína, kde žil do své smrti roku 1425. Jiní řeholníci, s nimi Gotfriedův nástupce Arnold se uchýlili se do katolické Plzně, aby tam přečkali nejtěžší léta. Klášterní majetek, již dříve dosti poškozený, byl v průběhu 20. let zcela rozchvácen. Od roku 1420 zapsal postupně král Zikmund většinu plaských statků katolické šlechtě z okolí Plas.
Činnost plaského kláštera obnovil snad ve 30. letech 15. století opat Tilman. Čas však nebyl příznivý pro rozvoj katolických institucí. V 15. století se cisterciákům vrátilo jen malé množství půdy, které neumožňovalo než holé přežití klášterních lidí. Ani v následujícím věku se situace příliš nezlepšila. Teprve v období rekatolizace klášter začal opět prosperovat. Díky tomu se plaským opatům podařilo postupně získat prostředky na rekonstrukci kláštera, jenž stál od husitských dob ve zříceninách. Na počátku druhého rozkvětu kláštera stálo stavovské povstání a pomoc plaských mnichů jak císařskému místodržícímu Bořitovi z Martinic vyhozenému při defenestraci z oken pražského Hradu, tak katolické Plzni, na jejíž obraně proti Mansfeldovu vojsku se podílel i opat, někdejší dělostřelecký důstojník, Jiří Washmutius. Plasy patří k jednomu z mála klášter, který svůj předkusotský majetek získal zpět.
Stabilizace klášterního hospodářství spustila vlnu přestaveb i novostaveb klášterních budov, která s přestávkami trvala až do poloviny 18. století a nikdy nebyla zcela dokončena, jak dokládají zachované plány. Hlavní přestavby se uskutečnily za opatů Ondřeje Trojera a Evžena Tyttla, pro které pracoval Jean Baptiste Mathey a Jan Blažej Santini Eichel. Klášterní areál však nebyl jediný, kterému opati věnovali pozornost. V duchu hospodářských zvyklostí řádu se začaly obnovovat hospodářské dvory, které zajišťovaly samostatné a životaschopné hospodářství. Důležitost dvorů pro cisterciáky dokládá i fakt, že mnohé z nich projektoval sám Santini. Ono bez fungujícího hospodářství by se klášter do takových přestaveb vůbec nemohl pouštět. Péče, jakou plaští cisterciáci zemědělství věnovali, je toho dokladem. Prosperující hospodářství korespondovalo s prosperujícím klášterem. Počet mnichů dosahoval sedm desítek, plaští cisterciáci spravovali probošství a poutní místo v nedaleké Mariánské Týnici, fary v širokém okolí, učili na Karlo-Ferdinandově univerzitě v Praze, sepisovali učené spisy o historii, muzice a dalších vědách. Nicméně i na klášter doléhaly velké dějiny.
Vláda Marie Terezie a především jejího syna Josefa II. přinesla do českých zemí závan osvícenstí a s ním i nedůvěry ve víru a náboženské instituce. Dne 9. listopadu 1785 byl řeholníkům doručen císařský dekret Josefa II., kterým byl klášter zrušen. V rámci josefínských reforem zanikla značná část řeholních domů, zvláště těch, které se nezabývaly "veřejně prospěšnou" činností, například nespravovaly nemocnice nebo neřídily školy. Cisterciáci se jako kontemplativní řád věnovali přednostně modlitbě a práci, i když i oni školství rozvíjeli. Plaský klášter byl navíc jedním z nejvýznamnějších v zemi, byli to zdejší opati, kdo prováděl vizitace ostatních klášterů a zároveň byli generálními vikáři spravujícími naše území. Jeho zrušení tak velmi zasáhlo celý cisterciácký řád u nás. Majetek, nyní již bývalého kláštera, začal spravovat státní Náboženský fond a měl sloužit k financování přeměny církevní správy. Mniši mohli odejít do jiného kláštera u nás i za hranicemi nebo coby světští kněží sloužit na farách. I přes dva velmi nadějné pokusy o obnovu zůstal klášter bez původního poslání, k jakému byl vytvořen. Tak specifické budovy jen těžko hledaly a dodnes hledají jiné využití.
O několik desítek let později přichází do Plas druhý nejvýznamnější muž Evropy, který kupuje celé bývalé klášterní panství a do jeho dalšího vývoje se nesmazatelně zapisuje. Kancléř Klement Václav Lothar Metternich se roku 1826 rozhodl koupit bývalý klášter zejména kvůli pozemkům, jejichž rozloha čítala na 10 000 ha půdy. Byly to právě Plasy, které si zvolil za místo svého posledního odpočinku a je zde v rodinné hrobce dodnes pochován. Za kancléře a jeho potomků se Plasy opět staly nejen správním, ale i kulturním a průmyslovým centrem. Byla založena huť na slévání litiny, jejíž výrobky se dodnes v Plasích i okolí nacházejí. Za Metternichů byla obnovena i výroba piva. Ke slovu se dostala činnost kulturní, divadelní i jiná představení se odehrávaly v prostorách bývalé klášterní knihovny, k Metternichům zavítal i Bedřich Smetana. Kancléř a jeho rodina, pokud v Plasích pobývali, bydleli na někdejší prelatuře, která byla k tomuto účelu upravena a označována od té doby jako zámek. Samotná budova bývalého konventu byla méně vhodně využita pro služební byty, školu či skladovací prostory. Roku 1894 ji postihl silný požár, který zničil celé druhé patro. Jen díky vysoké protipožární pojistce byly patro i střechy záhy opraveny. Metternichové byli přínosem zvláště pro vznikající městečko. Přítomnost významného rodu s širokými kontakty zvyšovala jeho prestiž, kancléřův syn a dědic plaského panství Richard byl jmenován čestným starostou městečka.
Ani plaskému klášteru se nevyhnuly válečné události, ke konci druhé světové války zde přímo pobývala Rudá armáda. Metternichové se zpět nevrátili, neboť byl jejich majetek na základě Dekretů prezidenta republiky zestátněn. Po odchodu armády byly budovy i pozemky přidělovány nejrůznějším institucím, mobiliář byl rozvezen, rozprodán i rozkraden. Kromě státních úřadů vlastnily objekty především Západočeské pivovary, Jednota Plasy, Československé státní lesy i podnik Zelenina. Bývalý konvent, prelatura a sýpka sloužily státním orgánům, jak byly zrovna zřizovány, části byly pronajímány. Z rozlehlých prostor byly vytvořeny kanceláře Okresního národního výboru Kralovice, později ONV Plasy, v budově konventu sídlil dále okresní archiv, hudební škola, kuchyně podniku Jednota či Muzeum města Plasy, které bylo roku 1972 nahrazeno Muzeem osvobození. Skoro vše bylo provázeno nevhodnými stavebními zásahy, kdy byly podle potřeby místnosti a chodby předělovány příčkami nebo části vybourány. Na prelaturu (zámek) byla z konventu přestěhována knihovna, do starého opatství (přístavku) umístěn Český svaz mládeže a internát. Nejhorším zásahem bylo zbudování krytu civilní obrany pod budovou samotnou v roce 1963.
Od sedmdesátých let začaly být zpracovávány stavebně historické průzkumy pro jednotlivé budovy. Byl to první kamínek do mozaiky odborné památkové péče. Rozběhla se rekonstrukce Nemocničního křídla i dalších prostor konventu, zvláště freskové výzdoby. Tyto i další opravy by však bez regenerace vodního systému byly neúplné. Až v roce 1993 začíná díky prováděcí firmě SPELEO-Řehák jeho obnova, která je dnes z větší části dokončena a vodní systém pod konventem teoreticky funguje tak, jak má a jak jej stavitelé pro zachování vytvořili. Kromě toho začala rovněž nezbytná oprava střešní krytiny i interiérových prostor.