U zrodu zlatokorunského opatství stál slavný český král Přemysl II. Otakar. Nejstarší doklad o úmyslu panovníka založit cisterciácký ústav pochází z roku 1259, následujícího roku však byly přípravné práce přerušeny válkou s uherským králem Bélou IV. Přemysl Otakar se ke svému záměru vrátil až roku 1263, kdy jej dokončil.
Klášter založil v meandru řeky Vltavy nedaleko rožmberského hradu známého dnes jako Český Krumlov. Svou fundaci bohatě obdaroval a kromě jiného jí daroval vzácnou památku, trn z Kristovy trnové koruny. Podle této relikvie získal klášter své jméno Sancta Corona, Svatá Koruna. Původní pojmenování však bylo záhy, již ve 14. století změněno na Zlatá Koruna (Goldenkron), snad pro bohatství, jímž klášter oplýval. Pouze v latinských písemnostech se udrželo pojmenování Sancta Corona, případně Sancta Spinea Corona (Svatá trnová koruna), připomínající památku, k jejímuž uctívání bylo opatství založeno.
Klášter Zlatá Koruna vznikl na ochranu královských zájmů v jižních Čechách, jeho blízká poloha nedaleko Českého Krumlova ukazuje, že byl do jisté míry míněn jako hráz proti rozpínavosti rodu Vítkovců. Ti od 12. století postupně kolonizovali jihočeskou krajinu a vytvářeli si zde rozsáhlou doménu. Přemysl Otakar II. proto předal klášteru část dosud neosídlené krajiny (odhaduje se, že její výměra činila asi 880 km2), kterou měli cisterciáci kolonizovat. Pro panovníka bylo výhodné, aby toto území přešlo do rukou Zlaté Koruny, neboť tak nejen zabránil Vítkovcům v dalším rozšiřování jejich domény, ale předáním do rukou církevního ústavu si i do budoucna nad ním zaručil vrchní dohled.
Dalším zájmem, který panovník při založení Zlaté Koruny sledoval, bylo upevnění vazeb s rakouskými zeměmi, jimž tehdy vládl. Proto se rozhodl spojit nový klášter s některým z rakouských klášterů. Jako mateřský dům pro své založení vybral dolnorakouské opatství Heiligenkreuz, rodový klášter Babenberků, svých předchůdců na vídeňském trůnu.
Spojení Zlaté Koruny s klášterem Heiligenkreuz však nepřetrvalo ani 20 let. V době konfliktu Přemysla Otakara s králem Rudolfem Habsburským se proti Přemyslovi obrátila část české šlechty na čele s Vítkovci, jimž překážely Přemyslovy aktivity v jižních Čechách, v prostoru, který pokládali za svůj. Královská Zlatá Koruna jim byla trnem v oku. Proto Vítkovci klášter přepadli a areál, do té doby většinou vystavěný jen ze dřeva, značně poškodili. Mniši z neobyvatelného kláštera uprchli zpátky do svého mateřského domu.
Ve chvíli, kdy Přemysl Otakar II. svůj spor s Rudolfem Habsburským prohrál a přišel o rakouské země, ztratil zájem na filiačním napojení zlatokorunského kláštera na rakouský Heiligenkreuz. Obnovu kláštera naplánoval proto s jiným mateřským domem, a to s mnichy z českého kláštera v Plasích. Vzhledem k politickému vývoji v Čechách však ke změně došlo až po Přemyslově smrti, v roce 1281. Spojení Zlatí Koruny a plaského mateřského domu vytrvalo do roku 1400, kdy papež rozhodl, aby se matkou jihočeského kláštera stal opět Heiligenkreuz.
13. a 14. století přineslo klášteru dobu velkého rozmachu. Velmi úspěšně se rozvíjelo klášterní panství, a to zejména díky zcela mimořádné kolonizační aktivitě kláštera. Cisterciáci dali vykácet lesy, které získali od svého zakladatele, a na získané půdě založili na sto vesnic. Před husitskými válkami zahrnovalo zlatokorunské panství městečka Netolice, Chvalšiny a Horní Planou, asi 150 vesnic a 20 hospodářských dvorů. Majetek doplňovaly četné vinice v úrodném severním Rakousku. Mezi statky českých cisterckých klášterů stála tato država co do velikosti beze sporu na prvním místě a patřila k největším klášterním doménám středověkých Čech vůbec.
Zkázu Zlaté Koruně přinesly husitské války. Poprvé husité přitáhli ke Zlaté Koruně 11. května 1420, kdy byl spálen špitál u brány kláštera a zřejmě i některé hospodářské budovy. O život přišli dva z bratrů, které husité upálili. Mnohem vážnější důsledky pro klášter mělo druhé přepadení koncem října 1420. Tehdy bylo dobyto a vypáleno celé opatství. Při přepadení zahynula část mnichů a dalších obyvatel kláštera, většina konventu v čele s opatem však na poslední chvíli klášter opustila a uprchla do Rakouska.
Panství Zlaté Koruny se zmocnil mocný soused, pan Oldřich z Rožmberka (†1462). Své údajné nároky obhajoval s pomocí falešných listin, které dal vyhotovit, a postupně se mu podařilo svá práva ke klášterství legalizovat. Někdejší majetek kláštera přičlenil ke krumlovskému zboží, jehož součástí zůstal i za Oldřichových potomků. Přes veškeré úsilí vynaložené v následujících stoletích se cisterciákům nepodařilo již nikdy získat své statky zpět. Po Rožmbercích se stali jejich vrchností Eggenberkové (1622-1719) a po jejich vymření Schwarzenberkové (1719-1785).
Mniši se vrátili do Zlaté Koruny v roce 1447, dlouho však neměli peníze na opravu budov. K té došlo ve větší míře až po třicetileté válce. Za opata Bernarda Pachmanna (1661-1668) začala velká barokní obnova kláštera, která trvala více než třicet let. Dobu velkého rozkvětu přinesla Zlaté Koruně druhá polovina 18. století spojená se jménem opata Bohumíra Bylanského (1755-1785). To se ale již blížil definitivní konec kláštera. V roce 1785 bylo opatství zrušeno a v následujícím roce se konvent rozešel. Mniši přešli dílem do jiných klášterů, dílem do světské duchovní správy.
Klášter koupili Schwarzenberkové, kteří začali budovy pronajímat pro různé druhy podnikání. Ve 2. polovině 19. století sloužil klášter jako továrna. Objekt značně poškodily průmyslové provozy (slévárna a strojírna) umístěné v křížové chodbě. Roku 1909 výroba skončila a Schwarzenberkové započali s rekonstrukcí budov ve snaze zachovat unikátní architekturu. Někdejší klášter zůstal v majetku Schwarzenberků do roku 1947, kdy jim byl zkonfiskován.
V letech 1979 až 2000 se správcem Zlaté Koruny stala Státní vědecké knihovna v Českých Budějovicích a po ní péči převzal Národní památkový ústav. Již v roce 1995 byl zlatokorunský klášter prohlášen národní kulturní památkou.