Závěť sv. Františka je považována za text, který nejvíce vystihuje originalitu Františkovy osobnosti. Vznikla těsně před jeho smrtí, kdy se již nacházel v Porciunkuli. Jelikož ji světec přímo diktoval, má jednoduchý sloh a minimum biblických citací. Při pozorné četbě zjistíme, jak František často zdůrazňuje božskou inspiraci svého povolání, vzniku bratrského společenství i celého svého života. Také protestuje proti nešvarům, které se už tehdy v jeho Řádě projevovaly. Náš světec přijímá už i domy a kostely, ale pod podmínkou, že odpovídají chudobě a že si je bratři nepřivlastňují. V druhé polovině je nesmírně tvrdý, když mluví poslušnosti, což je jeho protest proti těm bratřím, kteří evangelní svobodu (danou jím samotným) zneužívali. Nicméně vymáhání poslušnosti nebylo nikdy v Řádě jím navrhovaným způsobem praktikováno. Závěrem sám František vysvětluje, čím má tato jeho poslední vůle být - ne novou řeholí ani jejím komentářem, ale povzbuzením ke katoličtějšímu zachovávání Řehole. Tento text je nesmírně důležitý pro pochopení ostatních Františkových spisů a jejich interpretaci. V rukopisné tradici je tento text různými způsoby uváděn jako závěť sv. Františka, např.: Závěť blaženého Františka.
Pán dal mně, bratru Františkovi, abych takto začal konat pokání: neboť když jsem byl v hříších, zdálo se mi příliš trpkým vidět malomocné. A sám Pán mě přivedl mezi ně a prokázal jsem jim milosrdenství. A když jsem od nich odcházel, to, co se mi zdálo hořkým, změnilo se mi ve sladkost duše i těla; a pak jsem [ještě] chvíli otálel a opustil jsem svět.
Pán mi dal v kostelích takovou víru, že jsem se takto jednoduše modlil a říkal: „Klaníme se ti, Pane Ježíši Kriste, klaníme se i [směrem] ke všem tvým kostelům na celém světě a chválíme tě, neboť svým svatým křížem jsi vykoupil svět."
Potom mi Pán dal a dává takovou víru v kněze, kteří žijí podle zásad svaté římské církve, pro jejich svěcení, že i kdyby mě pronásledovali, chci se na ně obracet. A kdybych měl takovou moudrost, jakou měl Šalamoun, a nalezl bych chudičké kněze tohoto světa, nechci kázat ve farnostech, kde přebývají, proti jejich vůli. A jich i všech ostatních se chci bát, milovat je a ctít je jako své pány. A nechci uvažovat o jejich hříchu, protože v nich rozeznávám Syna Božího a jsou mými pány. A činím to proto, že nevidím tělesně na tomto světě z nejvyššího Syna Božího nic než jeho nejsvětější Tělo a nejsvětější Krev, které oni přijímají a jen oni vysluhují ostatním. A chci, aby tato nejsvětější tajemství byla nade všechno ctěna, uctívána a na vzácných místech uchovávána. A kdekoliv najdu na nedůstojných místech nejsvětější jména a jeho psaná slova, chci [je] posbírat a žádám, aby byla posbírána a umístěna na čestném místě. A všechny teology a ty, kteří [nám] slouží nejsvětější mi božskými slovy, máme ctít a vážit si jich jako těch, kteří nám dávají ducha a život .
A když mi Pán dal bratry, nikdo mi neukazoval, co mám dělat, ale sám Nejvyšší mi zjevil, že mám žít podle svatého evangelia. To jsem několika slovy a jednoduše nechal napsat a pan papež mi to potvrdil. A ti, kteří přicházeli, aby přijali [tento způsob] života, vše, co mohli mít, dávali chudým; spokojili se s jedním hábitem, uvnitř i vně záplatovaným, s cingulem a kalhotami. A nechtěli jsme mít víc. Modlili jsme se oficium: klerici tak, jako ostatní klerici, laici se modlili Otce náš. A velmi rádi jsme pobývali v kostelích. Byli jsme nevzdělaní a podřízeni všem. Já jsem pracoval vlastníma rukama a chci pracovat; a také rozhodně chci, aby i všichni ostatní bratři pracovali, a to na takové práci, která je čestná. Kdo to neumí, ať se to naučí ne proto, aby toužili přijímat odměnu za práci, ale pro [dobrý] příklad a kvůli odstranění zahálky. A kdyby nám nebyla dána odměna za práci, utečme se ke stolu Páně a žádejme almužnu dům od domu. Pán mi zjevil, že jako pozdrav máme říkat: „Pán ať ti dá pokoj!"
Bratři ať si dávají pozor, aby vůbec nepřijímali ani kostely, ani chudičké příbytky, ani nic, co se pro ně staví, pokud by to nebylo podle svaté chudoby, kterou jsme v Řeholi slíbili, a aby se tam vždy chovali jako cizinci a poutníci . Pod poslušností přísně přikazuji všem bratřím, ať jsou kdekoliv, aby se neodvážili požádat o nějakou listinu u římské kurie ani sami, ani prostřednictvím jiného, a to ani pro kostel, ani pro žádné jiné místo, ani pod záminkou kázání, ani kvůli pronásledování, [kterým trpí] jejich těla. Ale když někde nebudou přijati, ať odejdou do jiné země, aby s Božím požehnáním činili pokání.
Rozhodně chci poslouchat generálního ministra tohoto bratrského společenství a také kvardiána, kterého mi bude chtít dát. A tak chci být zajatcem v jeho rukách, abych nemohl chodit ani konat proti poslušnosti a jeho vůli, protože je mým pánem. Ačkoliv jsem prostý a nemocný, přece vždy chci mít klerika, který by mi konal oficium, jak je obsaženo v Řeholi.
A všichni ostatní bratři jsou [také] tak povinni poslouchat své kvardiány a konat oficium podle Řehole. A pokud by se našli nějací, kteří nekonají oficium podle Řehole, a chtějí ho nějak obměňovat, nebo kteří nejsou katolíci, všichni bratři, ať jsou kdekoliv, jsou pod poslušností zavázáni, když někoho z nich objeví, předvést ho nejbližšímu kustodovi toho místa, v němž ho nalezli. A kustod je přísně pod poslušností zavázán střežit ho tak jako vězně ve dne i v noci, aby se nemohl vysmeknout z jeho rukou, dokud ho osobně nepředá do rukou svého ministra. A ministr je přísně a pod poslušností zavázán poslat ho prostřednictvím takových bratří, kteří by ho dnem i nocí střežili jako vězně, dokud by ho nepředvedli před ostijského pána, který je pánem, ochráncem a napravovatelem celého bratrského společenství.
A bratři ať neříkají: „Toto je jiná řehole", protože tohle je připomínka, napomenutí, povzbuzení a moje závěť, kterou já, maličký bratr František, dávám vám, svým požehnaným bratřím, proto, abychom Řeholi, kterou jsme Pánu slíbili, katoličtěji zachovávali.
Generální ministr a všichni ostatní ministři a kustodi jsou pod poslušností zavázáni k těmto slovům nic nepřidávat ani z nich nic neubírat. Ať mají vždy tento spisek u sebe spolu s Řeholí. A na všech kapitulách, které konají, když čtou Řeholi, ať čtou také tato slova. Všem svým bratřím, klenkům i laikům, přikazuji přísně pod poslušností, aby nepřidávali poznámky k Řeholi ani k těmto slovům a neříkali: „Tak je třeba je chápat". Ale jako mně dal Pán prostě a jasně vyslovit a napsat Řeholi i tato slova, tak prostě a bez poznámek je chápejte a svatým jednáním je zachovávejte až do konce.
A kdokoli je bude zachovávat, ať je v nebi naplněn požehnáním nejvyššího Otce a na zemi ať je naplněn požehnáním jeho milovaného Syna spolu s nejsvětějším Duchem Utěšitelem a se všemi nebeskými silami a všemi svatými. A já, maličký bratr František, váš služebník, nakolik mohu, potvrzuji vám uvnitř i navenek toto nejsvětější požehnání.