Záměr založit cistercký klášter na pomezí Čech a Moravy se vynořil v souvislosti s postupující kolonizací dosud jen málo osídlené Českomoravské vysočiny. Myšlenku pojal již ve 30. letech 13. století jeden z významných pozemkových vlastníků v této oblasti Jan z Polné. Jeho snaha o zřízení opatství však skončila neúspěchem.
Když seznal, že sám již nemá pro uskutečnění svého plánu dosti sil, předal svůj záměr moravskému šlechtici Přibyslavovi z Křižanova, jenž podobně jako Jan z Polné hodlal své celoživotní dílo korunovat fundací kláštera. Ani Přibyslav z Křižanova však nedospěl do kýženého cíle, neboť dříve, než mohl k fundaci přikročit, zemřel. Skutečným zakladatelem se tak stal až Přibyslavův zeť Boček z Perneggu, jehož Přibyslav na smrtelném loži pověřil dokončením díla.
Předávání zakladatelského záměru se podepsalo na paradoxu polohy kláštera a jeho statků. Zatímco klášter sám ležel na českém zboží Jana z Polné, většina jeho statků, které dostal z majetku Přibyslava z Křížanova a Bočka z Perneggu, se rozkládala na Moravě. Žďár sám tak sice vznikl na české půdě a v obvodu pražského biskupství, vzhledem k rozložení svých statků však začal být poměrně záhy, a to ještě během středověku, počítán k institucím moravským. Později byl tento rozpor upraven změnou zemské hranice, takže dnes i území, na němž stojí klášterní budovy, patří k Moravě.
Fundace se uskutečnila v roce 1252 a do Žďáru začali přicházet řeholníci. Konvent se ustavoval postupně, neboť mateřský klášter v Pomuku neměl dostatek lidí a žďárský konvent museli doplňovat i mniši z dalších klášterů. Nové opatství dostalo jméno Fons Mariae Virginis (Pramen Panny Marie). Počátky kláštera popisuje Cronica Domus Sarensis (Žďárská kronika), již napsal v roce 1300 žďárský mnich Jindřich Řezbář. Podrobný popis vzniku kláštera a jeho nejranějších dějin je v českém prostředí zcela unikátní, ojedinělá je i možnost sledovat životní osud autora, který z kláštera v mládí uprchl, po letech se však do konventu vrátil a jako stařec zde sepsal své dílo. Žďárská kronika je vysoce ceněna nejen pro svou historickou hodnotu, ale také pro své literární kvality.
Při vzniku kláštera věnoval zakladatel cisterciákům na výživu několik vesnic a různé důchody. Toto klášterní věno pocházelo jak z majetku zesnulého Přibyslava z Křižanova, tak šlo i o Bočkovy vlastní statky. Během prvních sto let existence se cisterciákům podařilo vytvořit poměrně rozsáhlé panství, které čítalo na šedesát lokalit. Rozkládalo se z největší části v širším okolí kláštera, a to jak na české, tak zejména na moravské straně hranice. Vedle toho patřily žďárským cisterciákům také majetky na jižní Moravě a po určitou dobu také na Opavsku. Během druhé poloviny 14. věku se hospodářské poměry žďárského kláštera začaly horšit. Na velkém ekonomickém propadu v závěru století se podepsala také válka, která se v 80. letech rozhořela mezi moravskými markrabaty Joštem a Prokopem.
Na počátku 15. století odešli cisterciáci, kteří se začali obávat o svůj život, do lépe chráněného Brna, kde přestáli husitské války. Někdy v průběhu 20. let byl žďárský klášter za blíže nejasných okolností vydrancován a vypálen. Kdy se mniši vrátili zpět, z pramenů jednoznačně neplyne, stalo se tak snad před rokem 1440.
Po husitských válkách připadl klášter Jiřímu z Poděbrad, jenž se pokusil o jeho obnovu. Příznivá situace však netrvala dlouho. Následné česko-uherské války mnichy ze Žďáru vypudily a v roce 1558 prodal syn Jiřího z Poděbrad klášter i s jeho statky olomouckému biskupství. V roce 1613 olomoucký biskup František z Ditrichštejna opatství zrušil.
K obnově kláštera došlo roku 1647 přičiněním velehradského opata Jana Greifenfelse z Pilsenburku, který se zasloužil o to, že byl Žďár od olomouckých biskupů vykoupen a znovu osazen cisterciáky. Po letech finanční nouze přineslo 18. století dobu nového rozmachu a prosperity. Ta se nejvíce projevila v letech 1705-1738, kdy stál v čele žďárského domu opat Václav Vejmluva. Vejmluva se do dějin kláštera zapsal jako skvělý hospodářský správce, mecenáš umění a zejména stavebník. V jeho době ve Žďáru proběhly velké architektonické úpravy, k nimž přizval stavitele Jana Santiniho- Aichela. Nejznámější stavbou, která tehdy vznikla, se stal poutní kostel na Zelené Hoře, centrum tehdy teprve počínajícího kultu Jana Nepomuckého (od roku 1994 památka UNESCO). V areálu kláštera se Santini podílel na úpravách interiéru konventního kostela, stejně jako na výstavbě šlechtické akademie a s ní související konírny. Z jeho architektonické dílny však vyšly i některé méně vznešené stavby - morový hřbitov, hospodářský dvůr, jež všechny nesly nezaměnitelný autorův rukopis.
V roce 1784 byl žďárský klášter tak jako mnoho jiných církevních institucím opět zrušen, tentokrát císařem Josefem II. V průběhu 19. století získal areál někdejšího opatství různé šlechtické majitele a postupně byl upravován na zámek. Roku 1930 přešlo vlastnictví žďárského statku na chlumeckou větev rodiny Kinských, které patřil až do nástupu komunismu. V roce 1948 byl Žďár znárodněn, v roce 1991 pak v restituci rodině Kinských navrácen. Od roku 1992 postupně probíhá obnova areálu. Péčí současného majitele bylo v prostorách bývalého hospodářského dvora otevřeno Muzeum nové generace, které představuje dějiny žďárského kláštera a jeho slavnou barokní éru.