Sedlecký klášter založil roku 1142 velmož Miroslav se svolením knížete Vladislava II. Pomoc při tomto založení měl i olomoucký biskup Jindřich Zdík, který pravděpodobně zprostředkoval kontakt s cisterciáckým řádem, jenž dosud neměl v Čechách své zastoupení.
Mniši přišli do Sedlce asi o rok později, na jaře 1143, a to z německého kláštera Waldsassen ležícího nedaleko od českých hranic v tehdejším Chebsku. Sedlecký klášter se tak stal prvním výhonkem cisterciáckého řádu na české půdě.
V prvních 140 letech svého vývoje Sedlec představoval nepříliš významnou soukromou fundaci, a nic nenasvědčovalo tomu, že se v krátké době stane jednou z nejslavnějších církevních institucí země. Kolem roku 1280 se dokonce uvažovalo o jeho zrušení, neboť chudý ústav nebyl schopen v době, kdy v zemi vypukla bída, uživit své členy. Zásadní změnu pro postavení kláštera přinesl objev ložisek stříbra, jež se začala těžit za vlády krále Václava II. Tato ložiska se nacházela ze značné části na klášterní půdě a sedlečtí mniši tak z těžby značně profitovali. Během několika málo let vzniklo na někdejších klášterních pozemcích nejslavnější české horní město Kutná Hora.
Hospodářský vzrůst kláštera s sebou přinesl i vzestup v oblasti politické. Opat Heidenreich (1282-1320) se stal blízkým přítelem a rádcem Václava II. a spolu s dalším cisterciáckým opatem Konrádem ze Zbraslavi se po vymření rodu Přemyslovců zasloužil o nástup Lucemburků na český trůn.
Vzhledem ke svému skvělému postavení býval sedlecký ústav často svědkem významných událostí. Jeho hostinský dům vítal četné vzácné návštěvy, v jeho zdech se smlouvalo předivo důležitých politických nitek. Mimořádné bohatství kláštera umožnilo též jeho velkolepou přestavbu v gotickém stylu. Nejvýznamnější součást nového areálu představoval konventní kostel postavený na katedrálním půdorysu, jenž patřil k nejmonumentálnějším stavbám tehdejších Čech.
Množství hotovosti, jíž sedlečtí v této době disponovali, se odrazila také v rozvoji klášterní domény. Až do třetí čtvrtiny 13. století nepatřil sedlecký dům mezi majetné církevní instituce. Na počátku 14. století však již klášterní panství zahrnovalo více než 50 vsí, dvě městečka (Malín, Malešov) a 15 hospodářských dvorů. Většina tohoto majetku se nacházela v širším okolí Sedlce a tvořila souvislý pás od Kutné Hory na sever do Polabí; klášterní statky zasahovaly též na Kolínsko a Kouřimsko.
Přelom 13. a 14. století přinesl vrchol slávy sedleckého kláštera. Zároveň však tato doba již v sobě nesla příznaky budoucích krizí. Klášter se stal bankéřem českých králů- zatímco Václav II. dlužil klášteru 4000 kop grošů, za Jana Lucemburského tento dluh stoupl již na 14 000 kop grošů. Značné zatížení klášterní pokladny představovala také finančně náročná politická angažovanost opatů stejně jako velkorysá přestavba klášterního areálu.
V první polovině 14. století hospodářské postavení kláštera komplikovaly stupňující finanční nároky Jana Lucemburského, které jej zatěžovaly neúměrně vysokými daněmi a vynucenými půjčkami. Ani doba nepřála klášterní ekonomice. Přes pomoc Karla IV. a později i Václava IV. klášter upadal do stále větších dluhů. Deset let před vypuknutím husitské revoluce, v roce 1409 dosáhly tyto dlužné částky astronomické sumy 17 500 zlatých.
Od konce 14. století se začal v Čechách pěstovat kult Božího Těla. Tento kult se začal pěstovat i při sedleckém klášteře, když byla v kostele sv. Filipa a Jakuba, jenž byl určen pro laické návštěvníky opatství, vybudována kaple Božího Těla s Božím hrobem. Poutě spojené s okázalým procesím kutnohorských horníků sem začaly směřovat pravděpodobně již od roku 1389, kdy tato kaple vznikla.
Kontakty mezi sedleckým klášterem a nedalekou Kutnou Horou však nebyly pouze přátelské; naopak můžeme říci, že je po většinu 14. století provázelo značné napětí. Důvodů bylo více. Jeden z nejvýznamnějších se týkal malínské farnosti, k níž patřila většina obyvatel Kutné Hory. Farní práva s sebou nesla značné příjmy a zároveň faráři měli i vliv na chod města. Roku 1375 byla malínská fara přiznána cisterciákům a v roce 1381 byla přímo klášteru inkorporována s tím, že hodnost faráře v Malíně bude zastávat některý ze sedleckých bratří.. Kutnohorští měšťané v obavách ze stoupající závislosti na klášteru se rozhodli vystavět nový kostel, jenž by byl na sedleckém klášteru nezávislý. Využili toho, že část Kutné Hory se rozkládala na pozemcích jiné farnosti a zde nakonec prosadili stavbu nového chrámu zasvěceného sv. Barboře. Boj o nový kostel představoval dlouhodobý konflikt, jenž trval několik desetiletí.
Napjaté vztahy mezi městem a klášterem však trvaly dále. V červenci 1412 došlo ke srážce mezi horníky a poddanými kláštera, která skončila vypálením sedleckého městečka Malína a vyvražděním jeho obyvatel. Již tehdy se ukázala averze okolí vůči opatství. Tento odpor, daný mimo jiné německým charakterem kláštera, pověstí o jeho bohatství stejně jako později silně protihusitským postojem, vyvrcholil v době husitských válek, kdy Kutná Hora přistoupila k pražskému husitskému svazu. 24. dubna 1421 husitská vojska klášter dobyla, vypálila a pobořila. Mniši, kteří se nezachránili útěkem, zahynuli.
Za husitských válek zůstal sedlecký klášter prázdný. Řeholní život zde byl obnoven až v padesátých letech 15. století. Postavení kláštera však bylo zcela jiné než dříve. Mnichů bylo málo, navíc přišli o většinu svého pozemkového majetku. Budovy zůstávaly dlouhodobě pobořené a nebylo z čeho je opravit. Nepomohlo ani spojení s cisterciáckým klášterem ve Skalici. Tato pro klášter neblahá situace trvala až do 17. století. Teprve po třicetileté válce a následné rekatolizaci země se sedlecké opatství dočkalo své obnovy. Za opata Jindřicha Snopka (1685-1709) došlo k přestavbě většiny klášterního areálu. Hlavním architektem se stal Jan Blažej Santini-Aichel, který sedleckou katedrálu obnovil ve stylu barokní gotiky. Opraven byl i někdejší poutní kostel sv. Filipa a Jakuba v bráně kláštera, zatímco gotické budovy konventu nahradila barokní novostavba.
Období obnoveného rozvoje však netrvalo dlouho. Roku 1783 zrušil sedlecký klášter císař Josef II.
Někdejší konventní chrám byl založen na půdorysu latinského kříže s trojlodním transeptem a katedrálním polygonalním ochozem s věncem kaplí. Ve středověku představoval spolu s katedrálou v cisterciáckém klášteře na Zbraslavi jednu z největších chrámových staveb vůbec a i dne se se svými 90 metry délky řadí k mimořádně rozlehlým kostelům. Po Santiniho přestavbě vytvářejí boční lodě dvoulodí oddělené toskánskými sloupy. Střední loď a transept jsou zaklenuty valenou klenbou. Katedrála představuje nejvýznamnější zachovanou stavbu přelomu 13. a 14. století a spolu se Santiniho úpravou patří k prvořadým dílům evropské architektury vůbec. Samostatně stojící barokní konvent je dnes součástí objektů náležejících firmě Philip Morris.
Severně od katedrály, již mimo bývalý areál kláštera, dodnes leží hřbitov s kaplí Všech svatých z poslední čtvrtiny 14. století. Jde o čtvercovou patrovou stavbu se dvěma štíhlými šestibokými věžemi v průčelí, v jejíž spodní část slouží jako kostnice. Na začátku 18. století byl kostelík upraven v souvislosti s celkovou obnovou kláštera podle Santiniho. Současná úprava interiéru kostnice s inventářem vytvořeným z lidských pozůstatků vznikla v roce 1870.