Pronikání františkánů observantů do českých zemí je spojeno s misijní cestou sv. Jana Kapistrána do Čech a na Moravu v letech 1451-1452. Nejinak tomu bylo i v případě Kadaně, kde bylo prvním impulsem setkání Jana Kapistrána s Mikulášem II. z Lobkovic a na Hasištejně.
Budoucí světec posvětil tehdy studánku u nové kaple Čtrnácti svatých Pomocníků na návrší za hradbami města. Záhy se kaple stala cílem četných poutí a Lobkovicové začali uvažovat o stavbě kláštera, kam by uvedli členy této přísné větve Menších bratří. V roce 1473 převzal kapli provinciál františkánů a přivedl sem první žebravé františkány. Poutní kaple Čtrnácti svatých Pomocníků sloužila řeholníkům jako první oratoř, než byl postaven konventní kostel Panny Marie. Kněžiště nového chrámu zbudovaného v pozdně gotickém slohu bylo vysvěceno na podzim 1480, trojlodí pak o Velikonocích 1493. O něco později než kostel vznikly konventní budovy (1494-1506), jež nahradily dosavadní dřevěné provizorium. O jejich výstavbu se zasloužil rod Lobkoviců, který podporoval rozvoj kláštera i v dalších obdobích.
Po nástupu reformace v 16. století se Lutherovy myšlenky začaly šířit i do severních Čech. V jejich důsledku ztratili františkáni v Kadani podporu měšťanů a v roce 1564 se rozhodli odejít do Tachova, kde se jim nabízelo lepší finanční zajištění. V roce 1575 se však vrátili a Lobkovicové jim pomohli zpustlý konvent opravit a následně ho i stavebně rozšířit. Značné problémy přineslo františkánům stavovské povstání, během něhož byl v roce 1619 klášter vyloupen.
K největšímu rozkvětu kadaňských františkánů došlo po třicetileté válce v souvislosti s nastupující protireformací. Řeholníkům se dostalo podpory od katolické vrchnosti, s jejíž pomocí byla zahájena obnova a přestavba celého areálu. Během druhé poloviny 17. století byl klášter rozšířen o nové prostory, zejména se jednalo o budovy pro nemocné a pro poutníky. Stavební práce se dotkly také kostela, k němuž byly přistavěny dvě kaple. V letech 1695-1699 propojilo klášter s městem sedm zastavení křížové cesty.
V první polovině 18. století zasáhla kadaňské františkány válka o dědictví rakouské. Roku 1742 se přímo v areálu kláštera strhla bitva mezi nepřátelským francouzským vojskem, jež se zabarikádovalo v kostele, a oddíly císařovny Marie Terezie. Bitvu, v níž byli Francouzi poraženi, dodnes připomínají prostřílená barokní vrata hlavního vstupu do kostela.
Za Josefa II. nebyl sice klášter zrušen, tak jak se stalo mnohým jiným, ale jeho další rozvoj císařská opatření značně omezila. V roce 1785 byl počet řeholníků úředně zmenšen z třiceti šesti na pouhých dvanáct a výchova noviců zrušena. V roce 1790 se změnilo i hospodářské zajištění františkánů, když vstoupil v platnost zákaz žebrání. Nadále měli být františkáni financování dílem z Náboženského fondu, dílem svou prací ve farní službě.
Další výrazné změny přineslo až 20. století. Za druhé světové války, kdy byla Kadaň součástí Třetí říše, museli řeholníci přepustit část svých prostor pro Hitlerjugend. Po válce se území Sudet sice vrátilo k Československu, ale klášteru tato změna mnoho dobrého nepřinesla. V roce 1950, v době totalitní komunistické vlády, byl klášter františkánů v Kadani, tak jako všechny ostatní mužské řeholní ústavy v zemi, zrušen.
Někdejší klášter sloužil po řadu let potřebám Státního archivu a od roku 1972 Okresního muzea v Chomutově. Vzhledem k tomu, že se budovám nedostávalo patřičné péče, postupně chátraly. V roce 1991 se areál vrátil do rukou Řádu menších bratří – františkánů, kterému však chyběly jak finanční prostředky na opravu, tak i dostatek řeholníků pro obnovu řádové komunity, a proto se rozhodl předat roku 1994 areál Biskupství litoměřickému.
Po dohodě mezi biskupstvím a městem Kadaní, na jejímž základě získala Kadaň areál do pronájmu, došlo v letech 1995-2003 ke generální opravě celého areálu, který byl zároveň prohlášen Národní kulturní památkou. Dnes budovy využívá Městské muzeum v Kadani a zčásti také kadaňská Základní umělecká škola.