Benediktinský klášter na Novém Městě pražském prošel za 670 let své existence složitým vývojem a během uvedené doby se v něm vystřídali mniši různých národů, stále se jednalo o benediktiny. Klášter založil v roce 1347 král Karel IV. s posláním, aby sloužil slovansky hovořícím benediktinům a aby se zde pěstovala staroslověnská liturgie. Odtud jeho lidový název Na Slovanech.
Označení Emauzy se ujalo až v raném novověku a odkazuje na evangelium, které se četlo při svěcení kostela, bylo pondělí po Velikonocích a četlo se o putování učedníků do Emauz a o setkání se Zmrtvýchvstalým Kristem. První mniši přišli z Balkánu - z dnešního Chorvatska, Dalmácie a Srbska, kde přetrvávala znalost církevní slovanštiny. Ve 14. století prosluly Emauzy bohatou kulturní činností zaměřující se především na shromažďování vzácných rukopisů a na vlastní knižní tvorbu.
Za husitských válek klášter unikl zkáze, neboť jej v roce 1419 převzali utrakvisté. Jako v jediném českém klášteře se zde přijímalo pod obojí, a to až do konce 16. století. V Emauzích také působil známý husitský teolog anglického původu Peter Payne a žil zde i bratr Řehoř, pozdější zakladatel Jednoty bratrské.
Ke změně observance došlo na počátku 17. století, kdy zdejší klášter opět přijal katolický ritus. V roce 1636, v období počínající protireformace však byli čeští benediktini vypuzeni a budovy kláštera získali benediktini z katalánského opatství Montserrat, kteří sem přišli na pozvání císaře Ferdinanda III. Původně španělská komunita se v 18. století začala silně počešťovat, její napojení na Montserrat však vytrvalo až do roku 1880. Tehdy Emauzy osídlila benediktinská kongregace původem z německého Beuronu. Beuronští mniši zůstali v Emauzích i po vzniku Československa a obnovili zde slovanskou liturgii. Za 2. světové války byli řeholnici vyhnáni a někteří skončili v koncentračních táborech. 14. února 1945 se Emauzy staly obětí spojeneckého náletu, který těžce zasáhl především konventní kostel. Po skončení války se mniši vrátili zpět a klášterní život byl obnoven. Ne však na dlouho. V roce 1950 komunistický režim emauzský klášter tak jako ostatní řeholní instituce v Československu uzavřel a mnichy internoval. Budovy kláštera přešly do majetku Československé akademie věd, která je využívala jako sídlo některých svých ústavů.
Po roce 1989 získal benediktinský řád Emauzy zpět. Řada institucí zde zůstala v nájmu dodnes.