Zbraslavský klášter založil v roce 1292 král Václav II. snad jako projev pokání za popravu svého otčíma Záviše z Falkenštejna. Cisterciácký klášter na Zbraslavi patřil ve středověku k nejpřednějším řeholním institucím Českého království.
Byl mimořádně důležitým duchovním a intelektuálním centrem, v němž se zrodila některá významná literární díla.Pro stavbu kláštera panovník nabídl řeholníkům tři možná místa ve středních Čechách. Již existující benediktinské opatství na Ostrově (proti dnešní Davli), které byl ochoten změnit v ústav cisterciácký, svůj lovecký zámeček na Zbraslavi a vesnici Radotín. Cisterciáci zvolili Zbraslav ležící nedaleko soutoku Vltavy s Berounkou. Sem také v dubnu 1292 přišli mniši ze Sedlce, nejstaršího cisterciáckého opatství v Čechách, s jehož opatem Heidenreichem pojilo panovníka dlouhodobé přátelství. Václav II. nový klášter pojmenoval Aula Regia (Síň královská) a obdaroval jej četnými statky, jejichž jedna část se nacházela ve středních Čechách, druhá pak na východě země v okolí Chocně, Ústí nad Orlicí a České Třebové.
Vznik zbraslavského kláštera spojil panovník se záměrem vybudovat zde nové pohřebiště přemyslovského rodu. Za tím účelem dal postavit velkolepý kostel, jenž svými rozměry patřil k největším v Čechách.
Na zbraslavském královském pohřebišti spočinula v průběhu následujícího století řada členů královské rodiny, včetně některých panovníků - Václava II., Václava III. a Elišky Přemyslovny. Na své přání zde byl pohřben na prahu husitské revoluce i Václav IV; po zničení kláštera, k němuž došlo jen o rok později, však byly jeho ostatky převezeny do Prahy a uloženy v chrámu sv. Víta. Jak se stalo, že se část kosterních pozůstatků z královského pohřebiště zachránila, není známo. Snad je z porušených hrobek a z prostoru dómu s úctou k českým panovníkům vyzdvihli místní lidé. Antropologický průzkum prováděný ve 20. století potvrdil, že se mezi uchovávanými relikviemi nacházejí ostatky krále Václava II. a jeho dcery Elišky Přemyslovny. Dnes jsou tyto ostatky Přemyslovců pohřbeny v kostele sv. Jakuba na Zbraslavi ve dvou hrobkách označených jejich jmény.
Již bylo řečeno, že Zbraslav představovala ve 14. a raném 15. století významné intelektuální centrum. V prvních dekádách 14. století zde vznikla jedna z nejvýznamnějších středověkých kronik českého původu, nazvaná podle místa svého vzniku Zbraslavská kronika. Jejími autory byli dva opati zdejšího kláštera Ota a po něm Petr Žitavský. Zejména díky Petru Žitavskému se kronika stala nejlepším historickým dokumentem o střední Evropě přelomu 13. a 14. století. Vedle hodnoty historické představuje Zbraslavská kronika také prvořadé umělecké dílo.
Nejvýznamnější dobou kláštera Aula Regia byla éra Václava II., kdy se cisterciáci těšili podpoře panovníka a kdy první zbraslavský opat Konrád patřil k panovníkovým rádcům.
Po vymření Přemyslovců se Konrád angažoval na straně Elišky Přemyslovny a zasloužil se o příchod Lucemburků do českých zemí. Doba Jana Lucemburského přes nesporné Konrádovy zásluhy již nebyla pro klášter tak šťastná. Cisterciáci sice zůstali v úzkém spojení s královnou Eliškou Přemyslovnou, nikoliv však s panovníkem. Chudá Přemyslovna přitom nebyla schopna cisterciákům příliš prospět, zato Jan Lucemburský klášter těžce zatěžoval svými finančními požadavky.
Významný politický akt se odehrál na Zbraslavi v roce 1333. Při návratu do vlasti, kde nebyl od dětských let, se budoucí Karel IV. zastavil ve zdejším klášteře, aby se poklonil u hrobu své matky. Zde také přijal představitele české šlechty a měst. Okázalá návštěva přemyslovského pohřebiště ještě před vstupem do Prahy signalizovala, že mladý se Lucemburk k odkazu svých předků- českých králů. Přes tuto manifestační návštěvu doba Karla IV. nenavázala na úzké sepětí mezi Zbraslaví a trůnem. Panovník sice klášteru pomáhal v hospodářských záležitostech, díky němu se cisterciákům podařilo odprodat ekonomicky nevýhodné východočeské statky, své rádce a spolupracovníky však císař již hledal jinde.
Na počátku 15. století. se hospodářská situace kláštera prudce zhoršila a cisterciáci byli těžce zadluženi. Tehdy však již země stála na prahu dlouhodobé války. Bylo jen otázkou času, kdy i Zbraslav podlehne útoku husitů. Nechráněný klášter, ze kterého již utekli řeholníci, přepadli 10. srpna 1420 táboři s pražany, dobyli jej a poté zapálili. Většina klášterních statků následně přešla se souhlasem císaře Zikmunda do rukou šlechty.
Cisterciáci se na Zbraslav vrátili ve 40. letech 15. století a pokusili se o obnovu svého opatství. Nová etapa vývoje však představovala jen odlesk bývalé slávy, navíc vleklé války v 17. století dále opatství poškozovaly. V letech 1611 a 1612 byl klášter vydrancován vojsky, roku 1618 se větší část jeho majetku dostala do rukou Jindřicha Matyáše Thurna. Největší katastrofu přinesl rok 1639, kdy dal opatství zapálit velitel švédského vojska. Na devastaci klášterních budov se podepsala v roce 1645 i císařská armáda.
Teprve ukončení třicetileté války otevřelo cestu nové klášterní prosperitě. Na počátku 18. století začala rozsáhlá přestavba klášterního areálu podle plánů proslulého architekta J. Santiniho a Františeka Maxmiliána Kaňky. Vzhledem k tomu, že klášterní areál byl opakovaně postižen a většina staveb se nacházela ve velmi špatném stavu, nezbývalo než zbytky kdysi nádherného gotického kláštera strhnout a začít stavět znovu. Realizace tohoto projektu však již nebyla dokončena, neboť císař Josef II. zbraslavský klášter v roce 1785 zrušil.
Koncem 18. století získal klášter Josef ze Souvaigue, který ho dal přebudovat na cukrovar. V průběhu 19. století se majitelé na Zbraslavi střídali a měnila se výroba, k níž byl areál využíván. Roku 1910 koupil těžce poničené budovy vlastenecky smýšlející podnikatel Cyril Bartoň z Dobenína. Pod jeho péčí byl někdejší klášter přestavěn podle plánů architekta Dušana Jurkoviče na zámek. V roce 1939 pronajal Cyril Bartoň prostory konventu Národní galerii, která využívala zbraslavský zámek pro své expozice (Sbírka orientálního umění) až do roku 2009. V současnosti patří celý areál opět rodině Bartoňů. Část areálu slouží je pronajat Národnímu muzeu, jenž zde má po dobu rekonstrukce hlavní budovy na Václavském náměstí část knihovního depozitáře.