Podle tradičních představ byl první mužský klášter v Čechách nacházející se nedaleko Pražského Hradu, u pramenů potoka Brusnice, založen roku 993. Na jeho vzniku se měl podílet jak kníže Boleslav II., tak i pražský biskup, pozdější světec Vojtěch, který údajně přivedl benediktiny z Říma.
Předpokládá se, že prvním opatem se stal Vojtěchův vychovatel Anastázius. Po Vojtěchově odchodu z Čech (994), po následném vyvraždění Slavníkovců (995) a po smrti jednoho ze zakladatelů, knížete Boleslava, byla břevnovská komunita oslabena lidsky i ekonomicky. Zlepšení nastelo na počátku 11. století v souvislosti s příchodembenediktinů z bavorského kláštera Niederalteich. Do Břevnova tehdy přišli řeholníci přiklánějící se k reformě, jež vzešla z lotrinského kláštera Gorze a Břevnov sám se následně stal centrem šíření této reformy v Čechách.
Jak prokázal archeologický výzkum, první stavby kláštera byly dřevěné a teprve v průběhu 11. století je začaly nahrazovat budovy kamenné. Za opata Menharta (1035-1089) vznikl kamenný kostel, trojlodní bazilika, jejíž boční lodě byly ukončeny apsidami a pod hlavní lodí se nacházela krypta. Pozůstatky této krypty byly v moderní době odkryty a jsou dnes přístupné veřejnosti. V době opata Menharta zde byl pohřben poustevník Vintíř (dnes blahoslavený Vintíř), jehož zdejší benediktini uctívali jako světce. Ve stejné době jako břevnovská bazilika vznikl i první kamenný konvent.
Břevnovský klášter představoval po celý středověk církevní instituci mimořádného významu. V oblasti řádu se zasloužil o další šíření benediktinských ideálů, neboť stál u zrodu dalších klášterů, svých pobočních domů. Konkrétně se jednalo v Čechách o proboštství v Polici nad Metují a v Broumově, na Moravě pak v Rajhradu. Břevnovští benediktini se zasloužili i o vznik opatství v Opatovicích nad Labem a po vyhnání slovanských mnichů osadili také sázavský klášter.
Břevnov se stal významným duchovním a kulturním centrem, vytvořil bohatě zásobenou knihovnu, vlastnil dobře pracující skriptorium. Značnou roli hrál Břevnov také v oblasti hospodářské, neboť mu patřil rozsáhlý pozemkový majetek, jehož správě a zvelebování věnovali břevnovští opati značnou péči. O ekonomický rozvoj kláštera se zasloužili především opati Dluhomil (1217-1236) a Pavel II. Bavor z Nečtin (1290-1332). Bavor z Nečtin proslul též jako veliký stavebník, který zahájil gotickou přestavbu kláštera. Jeho plány se však nepodařilo zcela realizovat, po Bavorově smrti zůstal konventní kostel torzem.
V roce 1420, za husitských válek, břevnovský klášter dobyli a vypálili táborité. Část mnichů se uchýlila do Broumova, kde řeholníci přečkali válečná léta i následující neklidné období, kdy přišli o většinu svých příjmů. Broumov se stal na dlouhá staletí (de facto až do roku 1939) sídlem břevnovského opata. K obnově klášterního života v Břevnově došlo až v polovině 16. století. Po stavební stránce začal být břevnovský areál obnovován dokonce až koncem 17. století za opata Tomáše Sartoria (1663-1700), kdy vznikla nová klauzura. Jako konventní kostel tehdy sloužil opravený a přizpůsobený presbytář někdejšího nedokončeného gotického chrámu. Sartoriův klášter stojí zčásti zachován, doznal však významných změn za přestavby, kterou uskutečnil Kilián Ignác Dientzenhofer.
Velká barokní přestavba začala na počátku 18. století. Výstavbu zahájil Pavel Ignác Bayer a podle jeho plánů pak pokračoval Kryštof Dientzenhofer. Nejdříve byl postaven nový konvent, dokončený roku 1715. Komplex klášterních budov vytvořil rozsáhlý celek kolem tří dvorů, z nichž západní patřil klášteru, střední sloužil hospodářským účelům a východní byl součástí prelatury. Nejvýznamnější stavbou této barokní fáze se stal kostel sv. Markéty, vybudovaný pravděpodobně podle plánů Kryštofa Dientzenhofera. Po roce 1716 přišel do Břevnova Kryštofův syn, Kilián Ignác, aby zde se svým otcem spolupracoval. Významně se podílel na stavbě prelatury, na dokončování vnitřního vybavení konventu a v pozdějších letech na přestavbě letního refektáře a knihovny. Byl také autorem drobnějších staveb v rámci klášterních zahrad (oranžerie, přestavba tzv. Vojtěšky), stejně jako výstavby hospodářského zázemí kláštera.
Břevnovské opatství přestálo bez úhony rušení klášterů za vlády císaře Josefa II. a řeholní život v něm pokračoval až do poloviny 20. století. V roce 1950 však bylo, tak jako ostatní řeholní instituce v Československu, zrušeno a řeholníci deportováni do sběrných táborů. Budovy bývalého kláštera pak sloužily různým účelům, mimo jiné je využívala i Státní bezpečnost, která zde měla svůj archiv. Po roce 1989 došlo k obnově klášterního života a roku 1993 bylo břevnovské opatství povýšeno papežem Janem Pavlem II. na arciopatství.
Významnou postavou břevnovského kláštera ve 20. století byl Anastáz Opasek, od roku 1939 převor, od roku 1947 opat. Jako představitel významné duchovní instituce byl Anastáz Opasek v roce 1949 zatčen a následujícího roku odsouzen na doživotí. Po jedenácti letech věznění se dočkal roku 1960 amnestie, k výkonu kněžského povolání se však vrátit nesměl. Po sovětské okupaci v 1968 emigroval a žil v německém benediktinském klášteře Rohr. Zde se dočkal v roce 1989 svobody. Po návratu do Československa se znovu ujal svého opatského úřadu. Zemřel roku 1999 ve věku 86 let. Je autorem několika básnických sbírek a knihy vzpomínek. Benediktini na Břevnově žijí dodnes, hospodaří a modlí se, starají i o farnost při klášterním kostele. V pořadí 61. opatem byl v roce 2017 zvolen dosavadní převor-administrátor P. Prokop Siostrzonek.