Klášter v Chotěšově založil na žádost své sestry Vojslavy zakladatel kláštera premonstrátů v Teplé, Hroznata. K založení došlo někdy mezi léty 1202-1210, bližší datum není známo.
Jisté je, že konvent premonstrátských sester přišel do Chotěšova z kláštera v Doksanech, panovnického ústavu, založeného před polovinou 12. století kněžnou Gertrudou, manželkou Vladislava II. V čele chotěšovského kláštera stála abatyše, která řídila jeho vnitřní záležitosti; zastoupení navenek však měl probošt volený z členů tepelského konventu, jenž se těšil ve vztahu k Chotěšovu nadřízenému postavení. Probošt také spravoval klášterní jmění, a to nebylo malé. Již zakladatel kláštera, Hroznata, věnoval premonstrátkám 22 vesnic. Postupem doby se majetek premonstrátek nadále rozrůstal. V roce 1272, jak dokládá listina papeže Řehoře X., již čítal tři městečka a třicet vsí a v době Karla IV. dokonce 56 vesnic, nepočítaje v to několik městeček. Tak rozsáhlé pozemkové zboží začalo budit odpor okolní šlechty, která měla zájem si z něj alespoň část přivlastnit.
K rozchvácení majetku chotěšovského kláštera došlo za husitských válek. Klášter sám husité obsadili v roce 1421 a jeho zboží dal král Zikmund do zástavy různým šlechticům. Jeptišky našly ochranu v Plzni, kde zůstávaly po nějaký čas. K obnovení kláštera došlo snad ve 30. letech 15. století, konvent však přišel o většinu svých finančních prostředků. V 16. století došlo k dalšímu úpadku kláštera. Zmenšil se počet řeholnic a uvolnila se i jejich kázeň. Navíc konvent i nadále finančně strádal, takže byl nucen čas od času své statky zastavovat. Lepší doba se klášteru otevřela na počátku 17. století, toto zlepšení však trvalo jen velmi krátce. Po vypuknutí stavovského povstání byl majetek kláštera konfiskován a poté prodán rodu Mansfeldů. Po bitvě na Bílé hoře se však statky znovu vrátily do držení jeptišek. Během třicetileté války byl Chotěšov značně poškozen. Po většinu té doby zůstával prázdný, sestry od roku 1618 žily opět pod ochranou pevných plzeňských hradeb. Do svého kláštera se vrátily až roku 1632. Od konce 30. let započala stavební obnova areálu, postupně byl vybudován nový konvent opraven kostel i proboštství. V první polovině 18. století vznikla velkolepá barokní novostavba konventní budovy. Za projektanta tohoto mimořádného díla se považuje plzeňský architekt Jakub Auguston ml.
V roce 1782 byl chotěšovský klášter z nařízení císaře Josefa II. zrušen a jeho majetek připadl Náboženskému fondu. V roce 1822 koupil chotěšovské panství kníže Karel Alexander Thurn-Taxis. Klášterní kostel byl uzavřen a posléze zchátral natolik, že musel být stržen. V roce 1878 však došlo k obnově řeholního života. Thurn-Taxisové pronajali konventní budovu sestrám řádu Navštívení P. Marie (vizitantky), které zde otevřely pensionát pro výchovu dívek. Vzhledem k tomu, že původní chrám zanikl, daly salesiánky vystavět nový kostel, jenž byl vysvěcen roku 1901.
V roce 1925 na základě zákona o pozemkové reformě byl pozemkový majetek někdejšího kláštera rodině Thurn-Taxis zkonfiskován. Dosavadnímu majiteli zůstaly jen budovy kláštera, které prodal v roce 1937 za symbolickou cenu vizitantkám. Činnost řádové školy však záhy na to v souvislosti s vypuknutím 2. světové války skončila. Po válce došlo k odsunu německého obyvatelstva a v klášteře zůstaly jen české řádové sestry.
Ty byly v roce 1950 v rámci likvidace klášterů vystěhovány a budovy zrušeného kláštera získala Československá armáda, která jej využívala až do roku 1973. V roce 1991 přešel areál kláštera do majetku obce Chotěšov, avšak podle restitučního zákona o navrácení majetku řádům a kongregacím byla sestrám řádu Navštívení Panny Marie vrácena ta část, kterou v roce 1937 od Thurn-Taxisů odkoupily. V roce 2002 darovaly sestry konvent obci Chotěšov a zahrady Biskupství plzeňskému.
Roku 2010 získal někdejší chotěšovský klášter statut Národní kulturní památky. V areálu značně poničeném za komunistické totality probíhají postupné opravy. O objekt pečuje spolek Klášter Chotěšov.