Broumovský klášter vznikl na území, které dostal v roce 1213 břevnovský klášter od krále Přemysla Otakara I. Ve 13. a 14. století na Broumovsku probíhala pilná kolonizace a původně zcela zalesněný region se postupně proměnil v kulturní krajinu. Na této proměně měl významný podíl břevnovský klášter, neboť se na odlesňování Broumovska výraznou měrou podílel.
V roce 1256 existovala již v Broumově tvrz, která zabezpečovala správu a ochranu břevnovského majetku a někdy v této době vzniklo i město Broumov. Na konci 13. století byla tvrz přeměněna na proboštství a Broumov se stal pobočkou břevnovského kláštera.
V roce 1300 padla tvrz za oběť drobné místní válce. Místo ní břevnovský opat Bavor vystavěl jako sídlo broumovského proboštství pevný hrad s kostelem. Význam Broumova se zvýšil za husitských válek, kdy zde nalezl ochranu břevnovský opat se svými mnichy, kteří zde přečkali nebezpečnou dobu bez úhony, zatímco jejich vlastní klášter byl v roce 1420 dobyt a vypálen. Od 15. století se datují složité vztahy mezi broumovským a břevnovským opatstvím, které odráží i proměnlivá titulatura představených kláštera, kteří se postupně označovali jako opat břevnovský, opat břevnovský v Broumově (od husitských válek do znovuvybudování břevnovského kláštera v roce 1715) a konečně opat břevnovsko-broumovský.
Přesídlení opatů z Břevnova do Broumova mělo velký význam pro kulturní a hospodářský rozvoj města Broumova a celého zdejšího kraje.
Koncem 16. století došlo v Broumově k úpadku řeholního života v důsledku sílícího reformního hnutí, které se do Čech dostávalo ze Slezska. Právě zavření protestantského kostela v Broumově , jenž byl neoprávněně postaven na klášterním pozemku, bylo jednou z příčin, jež vedly v roce 1618 ke stavovskému povstání.
Nejvýznamnější stavební činnost v broumovském klášteře je spjata s dobou po třicetileté válce a s opaty Tomášem Sartoriem (1663-1700) a Otmarem Zinkem (1700-1738). Bezprostředním důvodem přestavby se stal velký požár v roce 1664, jemuž padl za oběť klášter a část kostela. Další oheň, v roce 1684, nebyl tak velkého rozsahu, přesto znovu poškodil konvent i kostel. Následnou obnovu prováděli stavitelé Martino Allio a Pavel Ignác Bayer. Monumentální rekonstrukce areálu byla dokončena až ve 30. letech 18. století na základě plánů Kiliána Ignáce Dientzenhofera.
Devastující požáry se Broumovu nevyhnuly ani v 18. století. V roce 1757 a znovu v roce 1779 byly budovy kláštera zachváceny ohněm. Následně pak v 19. století došlo k dalším stavebním úpravám, které měly objekt kláštera přizpůsobit nové době.
Nelehký vývoj čekal Broumov po druhé světové válce. Po odsunu řeholníků německé národnosti přišli do Broumova čeští benediktini z Chicaga. Jejich působení bylo však velmi krátké, neboť po nástupu komunismu museli klášter opustit. Od roku 1950 sloužil areál jako internační tábor nejprve pro řeholníky a pak pro řeholnice různých řádů. Určité ulehčení situace přinesl teprve rok 1968, kdy díky politickým změnám mohly sestry nastoupit službu v charitních domovech. Od roku 1974 sloužil hlavní objekt Státnímu ústřednímu archivu k uložení přísně střežených fondů. V Broumově zůstaly pouze sestry dominikánky, jež zde pekly hostie pro všechny farnosti v Čechách a na Moravě.
V současné době je klášter samostatným subjektem a není osazen řeholní komunitou. Opatství je administrováno z Břevnovského kláštera v Praze. V letech 2014-2015 prošel areál revitalizací, díky níž zde vzniklo Vzdělávací a kulturní centrum Klášter Broumov.